Es el que se basa en los principios científicos de la Agroecología. Busca atender las causas que originan las plagas y no sus síntomas.
Se sustenta en el Control Biológico (natural y aplicado), en la realización de prácticas Agronómicas y el aprovechamiento de la biodiversidad funcional para prevenir o suprimir el ataque de plagas. Busca no emplear o minimizar a los plaguicidas químicos porque son incompatibles con los organismos benéficos. No extermina poblaciones de insectos, sólo las reduce.
Los problemas por plagas en el agroecosistema se manejan con una visión holística. En México el maíz es atacado por 57 artrópodos distintos, considerando todas las etapas del cultivo e incluido las de almacén. Una de las principales plagas de importancia económica en Hidalgo es el gusano cogollero (Spodoptera Frugiperda).
